L’Istituto Svizzero di Roma è costituito come Fondazione di diritto privato secondo gli articoli 80 e seguenti del Codice Civile svizzero.
Il Consiglio di fondazione è l’organo direttivo dell'ISR. Si compone da nove a quindici persone, che sono designati tenendo conto delle loro competenze nell’ambito scientifico, artistico e economico, nonché, per i membri svizzeri, delle componenti culturali del Paese.
Fanno parte di diritto del Consiglio di fondazione:
– un membro designato dalla famiglia Maraini-Sommaruga,
– l’Ambasciatore pro tempore di Svizzera a Roma,
– i presidenti pro tempore della Commissione universitaria e della Commissione artistica

Rappresentanti del Consiglio di Fondazione:
Charles Kleiber, Presidente, Lausanne
Moreno Bernasconi, Massagno TI
Jacqueline Burckhardt, Zürich
Anne Cuneo, Zürich
Gabriele Gendotti, Faido TI
Pierre Keller, Lausanne
Anne Keller Dubach, Zürich
Antonio Loprieno, Basel
Giorgio Margaritondo, Lausanne
Nicola Mordasini, Lugano
Philippe Mudry, Presidente della Commissione universitaria, Lausanne
Françoise Ninghetto, Presidente della Commissione artistica, Genève
Bernardino Regazzoni, Ambasciatore di Svizzera a Roma
Géraldine Savary, Lausanne
Carlo Sommaruga, Genève
Membro d'onore: Renzo Respini, Lugano

Segretaria del Consiglio di Fondazione:
Elena Catuogno